“博士，在吗？”进了大木博士研究所后叶辉喊道。
“是叶辉回来了。”大木博士从里屋出来后看到叶辉很高兴，接过叶辉手里的GS球自语：“这就是GS球，和其他球的区别……”
眼看大木博士陷入研究的海洋，叶辉赶紧说道：“博士，先联系下内木博士。”
“奥，看着稀奇的精灵球，差点忘记了。”大木博士链接了内木研究所。
小刚出现在通讯屏上：“这里是内木研究所，请问？”
“啊，是小刚，我是大木博士。GS球已经收到了。”大木博士回道。
有新的通讯……这时显示屏有黑木的通讯提示。
“有新的通讯，麻烦小刚转告一下内木博士我这里有什么进展会在联系。”“我知道了，大木博士。”两人挂断通讯后，大木链接了黑木的通讯。
“呀！，黑木博士，这么急有什么事？”大木说道。“我这的研究有了突破性的进展，已经发报告了，正好让叶辉回来跟着学习一下。”黑木回道。
“哦，研究成功了。那真是恭喜，有机会到你那里参观一下。”“没问题，欢迎你的到来，大木博士。”两人交谈完，叶辉就被大木博士叫车送到了港口坐上了开往丰缘地区的船。
到达凯那市，下船后，叶辉看到了在港口处挥手的阿兰，“这，叶辉，我们从这走。”阿兰接到叶辉后带着叶辉做草飞龙飞空到暮水镇的研究所。
到了研究所休息一天，叶辉就被带着来到岩石边的黑木研究所。进去以后就能看到这里被改造成了特殊的岩洞环境，在水边还能看到菊石兽在喝水，显然化石复活机研究成功了。
进到了加工几层，看着就像是未来科技的防御基地里似的研究所，叶辉终于看到了黑木，说：“黑木叔，你这基地可真严实。”黑木说：“叶辉，回来了就好，这不是因为古代化石精灵嘛，有的还好，有的就很暴躁。你在外面看的就是在这里生活一段时间的复活精灵中性格比较温和的，比较凶的都暂时收在精灵球里，等有时间了在慢慢驯服。对了，和我来。”
黑木，带着叶辉经过了几道门的验证进了一间为3号的研究室。叶辉看着前面两人惊讶道：“这是大吾和源治先生。”听到声音的两人回过头来，大吾说：“是叶辉啊，旅行回来了。”
黑木介绍道：“这两人源治天王负责海上海下的警戒，保证研究所的安全，冠军大吾来帮忙压制刚复活的暴躁精灵。叶辉，好好看看，这就是最后的复活了。”
黑木启动了化石复活装置，一阵阵白烟冒出，面前的一排机器的显示灯慢慢走着进度，只听“噔噔噔”的声音响起，白烟停了下来，7台机器有两台显示红叉表示失败，其他五台显示成功，黑木的助手听着指令一个个打开复活机，第一个出来的是触手百合，出来后老老实实的呆在原地。工作人员抛出精灵球收服了他，通过旁边的传送机传走。第二台机器打开出来的是头盖龙，叫了一声，气势汹涌的向这边冲来，源治放出七夕青鸟，一击冷冻光线冻住了头盖龙，头盖龙被收走。第三个出来的是闪光化石翼龙，力气很大，和七夕青鸟对撞在一起。
源治看到说：“这个十分不错。大吾，不要再看热闹了。”大吾放出了钢帝企鹅协助源治的七夕青鸟，由七夕青鸟拖住化石翼龙，钢帝企鹅使用水炮将其打败收服起来。
黑木看到后对源治说：“这个化石翼龙我记录完了的话，有需要的可以来研究所。”源治听了很不好意思：“这……十分感谢。”叶辉看到这知道了显然源治很喜欢化石翼龙，之前肯定是求了黑木博士其他事，现在很喜欢又不开口，黑木叔直接答应给他一只化石翼龙了。
等了一会，第四个出来的是特殊形态的化石翼龙，化石翼龙的身体是灰色的，翅膀上有部分是紫色的，原形与白垩纪的翼龙很像，它的爪子有四个。翅膀、身上、尾巴和头部都被岩石包围，看见特殊状态的化石翼龙，叶辉知道他是系统奖励的特殊化石，是永久的mega状态的化石翼龙。
但其他人对他十分重视，源治和大吾分别放出了血翼飞龙和波士可多拉进行围攻。mega化石翼龙不敌围攻，很快失去战斗能力被捕捉。最后出来的闪光化石盔看着周边的精灵们，十分安静的呆在地上，被收服传送。
显然黑木的注意力已经被mega化石翼龙吸引了全部注意力，打算研究新的课题。
距离复活化石的日子已经过了一个月，叶辉已经熟悉了全新的暮水镇。多了一个警署，精灵中心建了二层，镇中组建了海上巡逻护卫队等等。
一个月的时间里，叶辉和黑木的其他助手一起帮忙整理资料，了解黑木研究所各个研究室的进度，复活化石精灵的安排等等，闲暇时间里和大吾请教精灵知识打指导站，当然叶辉是被指导的一方。
今天叶辉现在黑木的秘密研究所和黑木博士一起分类，除了叶辉拿回来的化石，还有黑木自己发布任务收集的，丰缘联盟提供化石样本，德文公司提供的化石收藏等。复活成功的精灵以关东和丰缘地区的比较多，其他地区的仅仅有几个。叶辉接着黑木从各个档案中挑出的资料装袋。
收拾完后，两人来到了让化石神奇宝贝生活的溶洞，等到了龙天天源治和源漫。“您好，黑木博士，我是源漫，来挑选精灵的。叶辉，好久不见。”源漫打招呼道。
黑木说：“和叶辉认识的话，让叶辉带你进去吧。”
叶辉和源漫边走边说：“你想要什么种类的精灵呀？”“当然是龙系，龙系。爷爷欠了人情才让我来挑选的，要帮我挑只优秀的精灵，就靠你了叶辉。”源漫拜托道。
叶辉带着源漫来到了宝宝暴龙的区域说：“就五只，你可以挑选了。”源漫凭自己的经验挑选出了两只，在其中犹豫不定，叶辉看源漫挑选出来的都是用完整化石复活的能力高的精灵，说了一句：“如果想要下颚力量比较大的选右边的。”“谢谢了叶辉，我就要说的那个。”源漫说完伸出手，叶辉从仪器上输入选项滑工作证，指纹等一系列验证，仪器打开露出五个精灵球，叶辉拿了中间的一个收起宝宝暴龙给了源漫。
两人走回大厅，叶辉看到黑木的助手推着一个手推车，里面分上下两层装着12个精灵球。
源治拿一个黑色的手提包将12个球装入后说：“好了，4个触手百合，4个太古羽虫，1个化石盔，2个菊石兽和1个始祖小鸟。”“没错，这是上交联盟的，这个是给你的。”黑木从兜里拿出一个精灵球交给源治。“那真是感谢。走吧。”源治带着源漫离开了暮水镇。
等联盟的人离开后，黑木带着叶辉再次整理一回精灵球，分出了2个触手百合，2个太古羽虫，2个化石盔，2个菊石兽，1个始祖小鸟，1个头盖龙，1个宝宝宝龙和1个化石翼龙。
研究所还剩特殊的化石翼龙，闪光化石翼龙和普通的化石翼龙个1只，宝宝暴龙3只，冰雪龙3只，头盖龙2只，始祖小鸟2只，遁甲龙3只，原盖海龟4只，触手百合4只，太古羽虫4只，化石盔3只和菊石兽2只。
将挑出的12个精灵收进精灵球，黑木带着叶辉去了地面研究所见了大吾和德文公司的助理，叶辉和德文公司的助理交接了精灵球的数量，目送他坐着被许多训练家保护的潜艇走了。
还没回到大厅，就听到了黑木博士的咆哮：“……我不会同意的。”还有大吾：“请相信我的决心。”的声音，进屋后叶辉还没来得及和大吾说上一句话就被怒气冲冲的黑木博士拉走。
第二天，天还没亮，叶辉就被黑木叫醒，拉着上了一个快艇，不知开往何方……
第四十三章
一天一夜后，黑木和叶辉还有博士的助手们到达了阿罗拉地区的美乐美乐岛的学校拜访大木成也博士，是关东地区大木博士的堂兄弟，主要研究神奇宝贝的形态变化与区别。博士们对特殊的化石翼龙的变化是不是形态变化进行了讨论和验证。反正是叶辉听不懂的东西，在学校的图书管理查询了阿罗拉精灵与关东精灵的区别，像是阿罗拉的小拉达是恶系而关东地区的小拉达是普通系，他们的形态完全不一样，和异变的闪光精灵也有区别。
博士们研究的时间里，叶辉被打发出去到好奥乐市海滩度假，认识了预选队长伊利马，在新朋友伊利马的带领下游玩了整个美乐美乐岛，认识了十克拉山丘，观赏了卡拉蔚湾，听说是美乐美乐岛绝佳景点之一，还在美了美了花园收服了一只满速度天赋的萌虻……不知不觉间2个月时间过去了。带着新的发现黑木、叶辉还有黑木的助手们向下一个地区前进。
……
一年的时间转瞬即过，叶辉带上中途跟着的波纹和有重大发现的黑木回到了丰缘地区。
这一年期间，叶辉到达了阿罗拉、卡洛斯、伊修、神奥四个地区。在阿罗拉地区和新认识的朋友伊利马告别后，约定了有时间会再来旅行，遗憾没能去看其他3个岛屿，紧接着来到了卡洛斯地区，在卡洛斯地区位于卡洛斯地区的中心密阿雷市的研究所渡过半年多的时间，关于特殊状态的精灵有了新的进展，从布拉塔诺博士那知道了超进化，但是正常情况下超进化完的神奇宝贝应该恢复原来的形态，但是特殊的化石翼龙没有……经过了他们的讨论明确了这确实是特殊的进化状态，并提出种种假设推论。
